Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ hàng hải Nha Trang bao gồm: phòng Quản lý kết cấu hạ tầng; phòng An toàn và An ninh Hàng hải; phòng Tổ chức - Hành chính; phòng Tài chính - Kế toán, đại diện Vân Phong, đại diện Cam Ranh; đại diện Trường Sa.
